Alex le lion est le roi de la jungle... urbaine. Avec ses amis le zèbre Marty, la girafe Melman et l'hippopodame Gloria, ils sont l'attraction nʿ1 du zoo de Central Park. Mais Marty rêve de liberté. Son escapade manquée avec une bande de pingouins déjantés lui vaut à lui et ses compères un aller simple pour l'Afrique. Passagers clandestins à bord d'un navire, les pingouins sabotent cette prison flottante et Alex, Marty, Gloria et Melman s'échouent sur une île paradisiaque...