KYÔTO, 1490. Dans une cité impériale qui n’en finit plus de panser les plaies des guerres qui l’ont dévastée quinze ans auparavant, l’enquêteur Ryôsaku se lance aux trousses du plus terrifiant et mystérieux des criminels : le Shogun de l’Ombre. Kaoru, Keiji et Sozô, les trois adolescents qui lui ont été imposés comme assistants, ne sont plus des débutants. Après une première enquête qui les a menés aux confins du Japon, les voici confrontés aux mystères de Kyôto. En pleine reconstruction, la capitale impériale va leur réserver de terribles épreuves. Dans l’atmosphère humide et moite de l’été, entre temples bouddhistes, sanctuaires shintô et théâtre nô, Ryôsaku et ses trois jeunes assistants vont devoir unir leurs forces pour vaincre ce Shogun de l’Ombre qui semble, lui, disposer de l'aide des esprits...