Kate, après avoir appris que son frère Michael sera le maître du second livre des origines, Les chroniques de feu, disparaît dans le passé. Emma et Michael sont sauvés par le professeur Pym, qui leur apprend l'existence d'une ville magique, Malpesa, où ils découvrent la localisation du fameux livre. De son côté, Kate a remonté le temps et se retrouve à New York en 1899...