Alex le lion est le roi de la jungle... urbaine. Avec ses amis le zèbre Marty, la girafe Melman et l'hippopodame Gloria, ils sont l'attraction n°1 du zoo de Central Park. Mais Marty rêve de liberté. Son escapade manquée avec une bande de pingouins déjantés lui vaut à lui et ses compères un aller simple pour l'Afrique. Passagers clandestins à bord d'un navire, les pingouins sabotent cette prison flottante et Alex, Marty, Gloria et Melman s'échouent sur une île paradisiaque...